Se trata del museo más antiguo de la capital aragonesa y la sede principal (que alberga las secciones de arqueología y bellas artes) está ubicada en un edificio neorrenacentista construido para la Exposición Hispano-Francesa de 1908 por los arquitectos Ricardo Magdalena y Julio Bravo. Su diseño está inspirado en el Patio de la Infanta, de la que fue casa del rico comerciante y mecenas del renacimiento aragonés Gabriel Zaporta.